中共商州区纪律检查委员会商州区监察委员会组织机构包括：办公室、组织部、宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第七纪检监察室、案件审理室。区委巡察工作联络办公室（区委巡察工作领导小组办公室）设在区纪委。
此外，设有直属单位商州区廉政教育中心；设有区纪委监委派驻纪检监察组。
区纪委、区监委主要职责
中共商洛市商州区纪律检查委员会(以下简称区纪委)由中国共产党商洛市商州区代表大会选举产生，商洛市商州区监察委员会(以下简称区监委)由商洛市商州区人民代表大会产生。区纪委与区监委合署办公，实行一套工作机构、两个机关名称，副县级规格，履行党的纪律检查、国家监察两项职责，对市纪委和区委负责。同时，区监委对商洛市商州区人民代表大会及其常务委员会和商洛市监察委员会负责，并接受其监督。在市纪委和区委领导下，区纪委监委加强对派驻纪检监察组和镇办纪委的领导。
(一)负责全区党的纪律检查工作。贯彻落实市委、市纪委和区委关于纪律检查工作的决定，维护党的章程和其他党内法规，检查党的路线、方针、政策和决议的执行情况，协助区委推进全面从严治党、加强党风建设和组织协调反腐败工作。
(二)依照党的章程和其他党内法规履行监督、执纪、问责职责。负责经常对党员进行遵守纪律的教育，作出关于维护党纪的决定;对区委工作部门、区委批准设立的党组(党委)，各镇办党委、纪委等党的组织和区委管理的党员领导干部履行职责、行使权力进行监督，受理处置党员群众检举举报，开展谈话提醒、约谈函询；检查和处理上述党的组织和党员违反党的章程和其他党内法规的比较重要或者复杂的案件，决定或者取消对这些案件中的党员的处分;进行问责或者提出责任违究的建议；受理党员的控告和申诉;保障党员的权利。
(三)负责巡视联络和巡察工作。统筹协调巡视巡察上下联络工作，在区委领导下组织开展巡察工作，配合区委巡察工作领导小组工作。
(四)负责全区监察工作。贯彻落实市委、市纪委监委和区委关于监察工作的决定，维护宪法法律，依法对区委管理的行使公权力的公职人员进行监察，调查职务违法和职务犯罪，开展廉政建设和反腐败工作。
(五)依照法律规定履行监督、调查、处置职责。推动开展廉政教育，对区委管理的行使公权力的公职人员依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守情况进行监督检查；对涉嫌贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守、权力寻租、利益输送、徇私舞弊以及浪费国家资财等职务违法和职务犯罪进行调查；对违法的公职人员依法作出政务处分决定；对履行职责不力、失职失责的领导人员进行问责；对涉嫌职务犯罪的，将调查结果移送人民检察院依法审查、提起公诉；向监察对象所在单位提出监察建议。
(六)负责组织协调全区全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育工作。
(七)负责综合分析全区全面从严治党，党风廉政建设和反腐败工作情况，对纪检监察工作重要理论及实践问题进行调查研究;制定或者修改全区纪检监察法规制度，参与起草制定相关法规、规章和规范性文件。
(八)根据省市纪委监委工作部署，配合做好与其他国家、地区、国际组织开展的反腐败国际交流、合作;加强对全区反腐败国际追逃追赃和防逃工作的组织协调，督促有关单位做好相关工作。
(九)根据干部管理权限，负责全区纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导;会同有关方面做好区纪委监委派驻机构、区级纪检监察机关、区管企业纪检监察机构领导班子建设有关工作;组织和指导全区纪检监察系统干部教育培训工作等。
(十)完成市纪委、市监委、区委交办的其他事项。
办公室职责
负责机关日常运转工作;筹备组织重要会议、活动，负责联系区纪委委员;组织起草区纪委监委有关文件文稿;督促检查有关工作部署的落实情况;组织协调特邀监察员工作;负责机关保密工作，协调纪检监察系统密码管理工作;负责机关后勤管理和服务工作，负责机关财务管理、国有资产管理和安全保卫工作;负责留置场所后勤保障工作;负责机关及派驻机构涉案款物保管等。
组织部职责
根据干部管理权限，负责全区纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导;负责区纪委监委机关各内设机构及所属事业单位、派驻机构，区委巡察工作机构干部人事工作;会同有关方面，负责区纪委监委派驻(派出)机构、镇办纪检监察组织、区管企业纪检监察机构领导班子成员的提名、考察、任免等干部人事工作;负责全区纪检监察系统干部教育培训工作;协调办理区管干部任职、评优评先前回复区委组织部意见工作等。负责离退休人员的服务管理工作。负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况;受理对区纪委监委机关除领导班子及其成员以外的干部，区委巡察工作机构、区纪委监委所属事业单位及派驻机构全体干部，区纪委派出纪工委、区管企业纪检监察机构主要负责人，镇办纪委及专兼职纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等;研究制定关于加强纪检监察干部监督的规定，督办有关违纪违法案件的调查处理;负责监督检查纪检监察系统干部选拔任用工作。
宣传部职责
负责组织协调全区全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作;归口承担机关宣传教育职责;负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。负责提出全区纪检监察法规制度建设规划、计划和立规建议;起草、修改全区纪检监察法规制度;参与起草制定相关法规、规章和规范性文件;负责全区纪检监察法规制度的咨询答复、解释指导、立规后评估、备案审查、清理、编纂;负责综合分析全区全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究;起草重要文件文稿等。
党风政风监督室职责
负责综合协调全区贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查;综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；加强对党风政风建设的综合协调，做好督促检查、通报曝光和综合分析等工作;综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作;综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题;综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实;综合协调区纪委监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作;协助区委抓好区党风廉政建设责任制领导小组办公室工作；组织开展党风政风监督专项检查活动等。
信访室职责
负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告;归口受理对区委管理的党组织和党员干部违反党纪、职务违法和职务犯罪行为等的信访举报，统一接收区纪委监委派驻机构和各镇办纪委报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报移交案件监督管理室或组织部办理;向区纪委监委派驻机构和各镇办纪委转交并督办有关检举、控告和申诉事项;受理党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请;综合分析信访举报情况;接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室职责
负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析、综合考评等职责;统一受理巡察工作机构、审计机关、行政执法机关、司法机关等单位移交的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交纪检监察室;统一受理区纪委监委派驻机构和各镇办纪委线索处置和案件查办报告，分送有关部门;承担区委反腐败协调小组和区委追逃日常工作，加强对全区反腐败追逃追赃和防逃工作的组织协调;归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项;对审查调查措施使用进行监督管理，监督检查全区纪检监察机关依纪依法安全办案情况。负责全区纪检监察系统信息化建设，为监督检查、审查调查工作提供信息查询、协调业务和依法提供科技技术保障；建立全区纪检监察系统信息技术保障工作制度，健全相关工作机制和责任规定;负责留置专区监控系统和信息网络建设、维护和管理；指导镇办信息技术保障工作。
案件审理室职责
负责审理区纪委监委直接审查调查和乡科级党的组织、纪检监察组织报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见;承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由区纪委监委办理的申诉、复核案件等。
第一至第七纪检监察室职责
主要履行依纪依法依规监督、执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位(镇办)领导班子及区管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况;监督检查联系单位(镇办)党组(党委)落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促镇办纪委（派驻、派出机构）落实纪检、监察责任，实施问责;综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”中第一种、第二种形态的，按程序提出处置意见，对适用第三种、第四种形态的，按程序进行审查调查;承办联系单位(镇办)涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议;向监察对象所在单位提出监察建议；必要时可以办理镇办纪委(派驻、派出机构)管辖范围内的监察事项，也可以办理上级监察机关指定管辖的监察事项等。综合协调、指导联系单位(镇办)及其系统的纪检监察工作等。